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二者的主要區(qū)別有以下幾個方面：
一、組織形式不同。
合資企業(yè)的組織形式為有限責(zé)任公司，具有中國法人資格。而合作企業(yè)的組織形式則分為兩種：符合法人條件依法取得中國法人資格的合作企業(yè)（稱法人合作企業(yè)），采取的是有限責(zé)任公司的組織形式；不具備法人條件的合作企業(yè)（稱非法人合作企業(yè)），采取的是無限責(zé)任的形式。
二、出資方式不同。合資企業(yè)各方可以用貨幣出資，也可以用非貨幣的建筑物、廠房、機(jī)器設(shè)備或其他物料，工業(yè)產(chǎn)權(quán)、非專利技術(shù)、場地使用權(quán)等作價出資，各方出資額以貨幣形式表示，并折算成股權(quán)；而合作企業(yè)各方的出資，屬投資的以貨幣形式表示，屬提供合作條件的，則不以貨幣的形式表示，且均不必計(jì)算成股權(quán)。
三、
權(quán)力機(jī)構(gòu)和經(jīng)營管理機(jī)構(gòu)不同。合資企業(yè)的最高權(quán)力機(jī)構(gòu)是董事會；而合作企業(yè)中只有法人合作企業(yè)才能設(shè)立董事會；非法人合作企業(yè)則設(shè)立聯(lián)合管理機(jī)構(gòu)，此種權(quán)力機(jī)構(gòu)雖有權(quán)決定合作企業(yè)的一切重大問題，但它不是最高權(quán)利機(jī)構(gòu)。合資企業(yè)的董事長是企業(yè)的法定代表人，合作企業(yè)則不一定，因?yàn)榉蓻]有明確規(guī)定。在經(jīng)營管理上，合資企業(yè)實(shí)行董事會領(lǐng)導(dǎo)下的總經(jīng)理負(fù)責(zé)制；而合作企業(yè)中的法人合作企業(yè)經(jīng)合作各方同意還可以委托第三方進(jìn)行經(jīng)營管理；非法人合作企業(yè)在聯(lián)合管理機(jī)構(gòu)下，可設(shè)經(jīng)營管理機(jī)構(gòu)，也可以不設(shè)經(jīng)營管理機(jī)構(gòu)而由聯(lián)合管理機(jī)構(gòu)直接管理企業(yè)。
四、
盈虧分擔(dān)方法不同。
合資企業(yè)合資各方只能按在企業(yè)注冊資本中所占的比例來分配收益、承擔(dān)風(fēng)險和虧損；而合作企業(yè)則依照合同的約定來分配收益、承擔(dān)風(fēng)險和虧損。
五、
經(jīng)營期滿后企業(yè)財產(chǎn)的歸屬不同。
合資企業(yè)合營期滿，清償債務(wù)后企業(yè)的剩余財產(chǎn)一般按合營各方的出資比例分配；而合作企業(yè)的合作期滿，清償債務(wù)后的財產(chǎn)則按合作合同約定確定其歸屬，如果約定外國合作者在合作期限內(nèi)先行回收投資的，則合作期滿時，合作企業(yè)的全部固定資產(chǎn)歸中國合作者所有。
六、
投資回收方式不同。
合資企業(yè)不采取讓外國合營者在合營期限內(nèi)提前回收其投資的方式，其投資的回收靠的是：在合營期限內(nèi)按出資比例分取的利潤和在企業(yè)依法解散時劃分的財產(chǎn)；而合作企業(yè)的外國合作者則可在合作期限內(nèi)先行回收投資。
七、調(diào)整的法律不同。
合資企業(yè)按《中外合資經(jīng)營企業(yè)法》的規(guī)定執(zhí)行，而合作企業(yè)則按《中外合作經(jīng)營企業(yè)法》的規(guī)定執(zhí)行。
八、
雙方的關(guān)系不同。
合資公司在雙方的關(guān)系上，強(qiáng)調(diào)共同投資、共同經(jīng)營管理、共享利潤、共擔(dān)風(fēng)險和虧損，即"四共"原則。而合作公司在雙方的關(guān)系上，強(qiáng)調(diào)當(dāng)事人的自由選擇，即合作者之間，只要對于投資的條件、產(chǎn)品的分配、收益分配的方式、經(jīng)營管理方式，雙方達(dá)成了一致意見，就是達(dá)成一種合同約定，法律一般是認(rèn)可的。
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